本館創設於民國50年，時稱『私立中山牙醫專科學校圖書室』。民國51年學校改制，本館亦同時改為『中山醫學專科學校圖書館』，民國66年8月，本院復經教育部核准正式升格改制為醫學院，本館於焉乃稱『私立中山醫學院圖書館』。

　　民國62年，鑒於歷年來員生人數不斷增加，業務日漸發展，原有館舍及設備已不敷使用，乃於同年九月開始興建四層樓之新館，佔地約三百餘坪，民國64年11月12日即本院十五週年校慶紀念當天落成，隔年9月正式啟用。除擴充圖書館各項設備，並增聘專業館員建立圖書館正規制度，為全院教職員生提供服務，以期發揮圖書館支援教學、研究與學習之功能。

　　本館為順應時代潮流，鼓勵教職員生進修，以提高學術水準，自民國70年4月起正式全面採開架式管理，民國83年起採用圖書館自動化系統。民國100年12月遷移至學人樓地下一層及地上一層，增設團體討論室、I-Share區及醫學人文專區，此外，於正心樓10樓及12樓設置『學習角落空間』，因應自我學習與小組討論之需求。而民國107年起營造藝文空間舉辦藝術作品及創作展覽，拓展師生藝術視野，同時帶動校園藝文風氣，亦開啟了圖書館的多元服務里程碑。

　　民國104年8月圖書館與電子計算機中心合併為「圖書資訊處」，分為「圖書服務組」及「資訊服務組」兩組。民國109年３月圖書館遷至正心樓教學綜合大樓，正式邁入數位服務新紀元。以數位化館藏發展為目標，逐步增加電子書與電子期刊館藏採購之比重，將數位學習場域與教學環境充分結合運用，突破圖書館實體館舍空間侷限，透過手機或平板設備，處處皆可進行數位閱讀與學習。民國110年9月誠愛樓閱覽室啟用，提供更為舒適寧靜的自學空間，並將國考用書專區及紙本學位論文遷移至此。